由于目前互联网的推动使很多事情都变得网络化，就连传统的税收都变成了互联网的模式，新的模式新的挑战，新的挑战则会出现新的弊端，那么究竟代理自贸区记账有什么弊端吗？
1、进入门槛低，导致从业人员水平参差不齐，造成会计信息严重失真。现在开办代理自贸区记账业务的机构无外乎会计师事务所兼营项目和专门的代理自贸区记账公司。如果找事务所自贸区代理记账那么相对人员素质会高一些，但是大部分事务所收费会比专门的自贸区代理记账公司要高。
而且记账毕竟不是事务所的主要经营项目，只是用来留住客户，待来年汇算清缴时可以增加自己的审计客户。所以大部分人选择自贸区代理记账机构记账，主要是其代理费用低，为企业节约了经营成本。那么收费低了，代理机构必然要想办法降低自己的经营成本。
所以导致进入行业门槛降低，代理记账公司的人员素质就非常混乱了，基本上很少有注册会计师在那里工作，即便是拥有中级会计师的代理记账机构也可以称得上专业级别的了。为了节约成本，有些代理公司还会去找一些根本没有财务上岗证的人员进行记账。
由于其没有进行过专业的会计学习，更谈不上较高的职业操守，导致账目混乱，会计诚信尽失，非但没有给企业降低经营成本，反而造成企业财务状况混乱，从而导致对代理记账公司失去信任。代理记账公司遭受前所未有的信誉危机。
这样加剧了高学历和高职称的专业人员频繁出现跳槽现象，高素质人才流失现象严重。并且使得代理机构陷入了只谈价钱不谈质量的尴尬局面，这样代理机构做得账社会认知度也不高，其信誉度和真实性也大大折扣。由于自身的素质不高。
无法保持较高的职业操守，有些代理记账公司为了拉拢客户，不拒绝为委托人制造虚假会计资料的要求，并且帮助作帐，使得会计信息严重失真。
2、政府监管力度不够，导致代理机构发展，不平衡代理记账作为服务业的新兴行业，在其成长的重要时期，迫切需要政府大力扶持。由于政府部门对代理记账业务重视不够，缺乏立法监督和政策引导，所以导致专门针对代理记账的法律法规很少。
