新个税政策下怎么保证公司缴纳个税同工资表一致

我公司10月发放工资，11月15之前缴纳个税，因为目前个税客户端是员工自己可以随时更改的，如果10月工资已经按之前的备案资料计算完毕个税，但个税系统里因为员工自行修改了信息，导致跟10月工资表个税不一致？这个应该怎么处理？账务处理怎么做？工资表个税和税务系统上报个税差异怎么处理？

补充：

员工更改的是附加扣除的信息