区别如下:
自贸区试行有条件的公司注册资本认缴登记制，除有规定的企业外，其余试行认缴制，不再登记实收资本，也不提交验资报告。
自贸区试行有条件的“先照后证”登记制。取得营业执照即可从事一般生产经营活动;申请从事其他许可经营项目的，应当在领取营业执照及许可证或者批准文件后，方可从事经营活动。
自贸区试行企业年度检验制度改为企业年度报告公示制度。
自贸区建立经营异常名录制度。
自贸区试行新的营业执照样式。
外商投资准入试行负面清单备案制。
外商投资广告企业试行备案制。
自贸区里注册公司和自贸区外的区别是什么
自贸区试行有条件的公司注册资本认缴登记制，除有规定的企业外，其余试行认缴制，不再登记实收资本，也不提交验资报告。
自贸区试行有条件的“先照后证”登记制。
取得营业执照即可从事一般生产经营活动;申请从事其他许可经营项目的，应当在领取营业执照及许可证或者批准文件后，方可从事经营活动。
自贸区试行企业年度检验制度改为企业年度报告公示制度。
自贸区建立经营异常名录制度。
将未按规定期限公示年度报告或者通过登记的住所(经营场所)无法取得联系等的企业载入经营异常名录，并通过市场主体信用信息公示系统向社会公示。
自贸区试行新的营业执照样式。
外商投资准入试行负面清单备案制。
对外商投资准入特别管理措施列表(负面清单)之外的领域，自贸区内外商投资企业向商务部门或其授权单位备案，并向登记机关申请设立登记。
外商投资广告企业试行备案制。
自贸区内申请新设外商投资广告企业或者外商投资企业申请增加广告经营业务的，取消投资方主体资格、广告经营业绩的条件限制，取消投资方成立和运营的年限要求